隆庆元年(1567年)初,吏部尚书杨博主持京察。京察是明朝政府考察中央机关五品以下官员的例行制度,每6年一次。这次考察中,杨博罢免了不少官员,其中包括御史和给事中一类的言官。而杨博是山西人,他的山西同乡竟然一个都没被免,这就引起了督察院御史和六科给事中的公愤。这些人都有弹劾之责,其中胡应嘉就站出来弹劾杨博徇私枉法,而胡应嘉身为吏科给事中,也参与了官员的考察,所以穆宗就对他的这种行为十分不满,并下令内阁商议如何处罚胡应嘉。高拱见这是个好机会,就要求严惩胡应嘉。同样受徐阶冷落的郭朴,就积极响应高拱。这下所有的言官都怒了,他们集体弹劾高拱,高拱就恳请穆宗惩罚言官。穆宗安慰了高拱后,却没有惩罚言官,这让高拱觉得自己颜面无存,就于这年五月辞官回乡了。到了九月,郭朴也被徐阶等人排挤得被迫辞官了。这次争权风波,徐阶取胜,而穆宗本打算当个甩手皇帝的希望落空了,就对兴风作浪的言官们十分厌恶,对徐阶也不是那么信任了。
隆庆议和享乐而终
隆庆元年(1567年)九月,内阁风波刚落,外患又起。蒙古俺答部落几万大军又越过长城,横扫大同、石州等地,严重威胁到北京侧翼。同时,蒙古土蛮部落大军也入侵蓟镇边境,掳掠河北昌黎,直达滦河。北京城被左右夹攻,穆宗也无法安心玩乐,只好召集大臣商讨此事。他任命戚继光、俞大猷、谭纶等抗倭名将到华北边境修筑防御工事,练兵备战,如此一来,军备果然很有起色。同时,穆宗又命长城沿线的将领们,抓住时机与蒙古贵族缓和关系。宣大总督王崇古在这件事上做得十分出色。他多次派人到蒙古族聚居地区宣传大明皇恩浩荡,凡是从境外来投奔的平民和军士,都能得到优待。由此,许多蒙古人都投奔过来。隆庆四年(1570年),蒙古贵族首领俺答的孙子把汉那吉也跑来了。他的到来,使蒙古族与明朝的关系发生了巨大的变化。