隆庆元年（1567年）初，吏部尚书杨博主持京察。京察是明朝政府考察中央机关五品以下官员的例行制度，每6年一次。这次考察中，杨博罢免了不少官员，其中包括御史和给事中一类的言官。而杨博是山西人，他的山西同乡竟然一个都没被免，这就引起了督察院御史和六科给事中的公愤。这些人都有弹劾之责，其中胡应嘉就站出来弹劾杨博徇私枉法，而胡应嘉身为吏科给事中，也参与了官员的考察，所以穆宗就对他的这种行为十分不满，并下令内阁商议如何处罚胡应嘉。高拱见这是个好机会，就要求严惩胡应嘉。同样受徐阶冷落的郭朴，就积极响应高拱。这下所有的言官都怒了，他们集体弹劾高拱，高拱就恳请穆宗惩罚言官。穆宗安慰了高拱后，却没有惩罚言官，这让高拱觉得自己颜面无存，就于这年五月辞官回乡了。到了九月，郭朴也被徐阶等人排挤得被迫辞官了。这次争权风波，徐阶取胜，而穆宗本打算当个甩手皇帝的希望落空了，就对兴风作浪的言官们十分厌恶，对徐阶也不是那么信任了。
隆庆议和享乐而终
隆庆元年（1567年）九月，内阁风波刚落，外患又起。蒙古俺答部落几万大军又越过长城，横扫大同、石州等地，严重威胁到北京侧翼。同时，蒙古土蛮部落大军也入侵蓟镇边境，掳掠河北昌黎，直达滦河。北京城被左右夹攻，穆宗也无法安心玩乐，只好召集大臣商讨此事。他任命戚继光、俞大猷、谭纶等抗倭名将到华北边境修筑防御工事，练兵备战，如此一来，军备果然很有起色。同时，穆宗又命长城沿线的将领们，抓住时机与蒙古贵族缓和关系。宣大总督王崇古在这件事上做得十分出色。他多次派人到蒙古族聚居地区宣传大明皇恩浩荡，凡是从境外来投奔的平民和军士，都能得到优待。由此，许多蒙古人都投奔过来。隆庆四年（1570年），蒙古贵族首领俺答的孙子把汉那吉也跑来了。他的到来，使蒙古族与明朝的关系发生了巨大的变化。