中军咨议、参军张卲对刘裕说：“人生危脆，必当远虑。刘穆之万一有不幸，谁能替代他？您已经建起这么大事业。如果您有不讳，又如何处分？”刘裕说：“这自然是委托给刘穆之和你了。”
八月十二日，刘裕从建康出发，派龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率领步兵从淮河、淝水攻向许昌、洛阳；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩攻打阳城；振武将军沈田子、建威将军傅弘之攻打武关；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军出石门，从汴水进入黄河；命冀州刺史王仲德督前锋诸军，开凿巨野沼泽，直入黄河。刘遵考，是刘裕的族弟。刘穆之对王镇恶说：“刘公如今将伐秦之任委托给你，你要努力！”王镇恶说：“我不克关中，誓不再南渡长江！”
刘裕既行，青州刺史檀祗擅自从广陵率军前往涂中搜捕逃犯。刘穆之担心檀祗发动事变，商议想要派军队去戒备。当时檀韶为江州刺史，张卲说：“如今檀韶占据长江中游，檀道济为北伐先锋，一旦露出猜疑他们的迹象，则京师立刻处于危险之境，不如派人去迎接慰劳，观察他的意向，必定没什么事。”刘穆之这才停止。