九月六日，万历皇帝再次以行秋祭礼为名，率后、妃进行第三次谒陵。九月九日，万历亲登形龙山、大峪山主峰阅视，经过反复比较之后，谕旨内阁：“寿宫吉壤，用大峪山。”这里所指大峪山，原称小峪山，真正的大峪山在昭陵主峰。因万历忌讳“小”字，便不顾与父皇昭陵的大峪山重名，将“小”改“大”，小峪山变成大峪山。
昭陵明楼及马道
九月十九日，礼部上疏，认为陵址既已选定，就应该钦定日期营建，但万历仍然不允，非要待两宫圣母看后才能确定。为此，御史朱应毂以谒陵耗费太巨，陈请两宫太后不必再去阅视，但仍未得到万历皇帝的允可。
十一月十三日，在首辅申时行的暗中指使下，贵州道试御史周之翰再次上疏弹劾梁子琦说，已奉皇上谕旨，寿宫定在大峪山下，可见徐学谟当初对皇上并未欺罔。徐学谟既已被罢职，梁子琦岂宜独留？
万历皇帝览奏之后，立降梁子琦为右参议，令其闲住，永远不许起用。
梁子琦接到圣旨，悲愤交集。落到今天这般地步，是他始料不及的，也只有在此时，他才真正知道面对这个强大的文官集团，他所要做的是什么。
1584年9月13日，万历皇帝奉两宫太后并率后、妃进行第四次谒陵。16日，万历与两宫太后亲登大峪山主峰阅视，两宫太后也一致认为大峪山最“吉”。