布隆迪是政变频发的国家，一些政客只知道政变夺权，不知道如何掌权、稳固政权。就在1987年9月布约亚发动军事政变的6年后，又一次政变发生了。1993年10月21日，一部分图西族军人发动军事政变，杀害了梅尔其奥尔·恩达达耶总统和部分高级官员，宣布接管政权，成立了以前内政部长弗朗索瓦·恩盖泽为首的军政府。但这次政变遭到国内外的强烈谴责，特别是女强人西尔维·基尼吉总理与政变领导人作了坚决斗争，致使这次政变仅在数天后即宣告失败。
两大部族纷争不断
1987年9月，武装部队参谋部作战和训练局局长皮埃尔·布约亚少校发动军事政变上台后，致力于部族的和解和团结，企图改变历届政府实施的部族之间不公平的政策。他采取了三项重要的措施：组成了由图西族和胡图族的两族联合政府，总理是胡图族人；指定两族35名成员组成的“制宪委员会”，制订了新的宪章草案，规定布隆迪应实行政治多元制，但禁止只代表部族利益的政党，该宪章草案于1992年3月9日获得90％选票的赞同；决定在1993年举行新的总统选举和议会选举（这有利于全国人口多数的胡图族）。这些措施使布隆迪的部族矛盾趋于缓和。
1993年6月1日，布隆迪举行了有史以来的第一次多党选举。以胡图族人为主的反对党布隆迪民主阵线总统候选人梅尔其奥尔·恩达达耶，出乎意料地获得64.75％的选票取胜，布约亚在竞选总统中失败。恩达达耶成为16世纪以来布隆迪的第一位胡图族人登上国家元首的宝座。