与此同时，海军对此也十分重视，1976年1月10日，海军副司令员刘道生就打捞阿波丸问题，向陈锡联副总理写一封信。1月13日，华国锋、叶剑英等中央领导同志一致批准了独立自主打捞阿波丸，并指示由交通部、海军共同组织打捞。1977年1月，我与刘道生商量了打捞阿波丸的问题，并于2月5日以交通部、海军名义正式向国务院、中央军委上报了《关于勘测打捞阿波丸沉船的请示》，报告中除汇报了有关阿波丸的传说和外国纷纷向我国申请打捞的情况外，提出了独立自主进行打捞和打捞的初步方案。同年3月3日，交通部和海军又向国务院正式上报了《勘测打捞阿波丸沉船方案》，海军还向中央军委作了请示。由于沉船位置靠近台湾所占岛屿，进行打捞有敌情顾虑，必须作好兵力掩护，所以叶剑英副主席批示：“请总参抓总办理。”以后又指示：“由福州军区具体负责，一抓到底。”3月26日，国务院、中央军委正式批准了交通部、海军的勘测打捞方案。
按照中国政府的惯例，出于保密的考虑，重大工程大都是以最高决策层提出或批准时间作为编号的。比如，“863”工程，是1986年3月批准的；而“985”工程，则是1998年5月批准的。